El club de Paraná no pudo mantener la categoría luego de participar diez años consecutivos en el máximo nivel del básquet Argentino. Tras culminar en la última colocación en la Conferencia Norte, no tuvo otro remedio que jugar los play offs de permanencia frente al peor de la zona sur: Lanús. A pesar de dar un gran golpe en el sur de la provincia de Buenos Aires, robando un punto fundamental, el conjunto dirigido por Miguel Volcán Sánchez no pudo sostener su localía y el “Granate” se quedó con la serie por 3 a 1 y mantuvo su plaza en la Liga Nacional.
Sionista consiguió subir a la liga nacional en la temporada 2005/2006 de la mano de Sebastián Svetliza, luego de un mal arranque, tuvo que pelear por la reclasificación ante Racing- Pedro Echague. Cuatro juegos le llevó al conjunto entrerriano para avanzar a la siguiente fase. Gimnasia de La Plata fue su próximo rival, el equipo platense no pudo con las aspiraciones de Centro Juventud y quedó relegado. En las series más decisivas eliminó a dos elencos hoy campeones de la máxima categoría del básquet: Regatas de Corrientes y Quimsa de Santiago del Estero. Primero dejó a un lado a los correntinos y en la final venció con un categórico tres a cero a Quimsa para obtener su primer título de forma profesional y el ascenso a la primera categoría.
En la temporada 2009/2010 , obtuvo su mejor actuación llegando hasta semifinales, terminando en la tercera posición, ingresando a un certamen internacional. En ese plano jugó los campeonatos: Interligas, Liga Sudamericana y Liga de las Américas.
A pesar de bajarse de la competencia profesional, la dirigencia entrerriana fue distinguida dos veces como la mejor dirigencia deportiva del país, premio anual que elige la Asociación de Clubes del básquet Argentino.
La prensa del club dejó emitido en su comunicado sus agradecimientos a jugadores, cuerpos técnicos y dirigentes que pasaron por la institución. Además, a la Asociación de Clubes, a la Asociación Isrealita de Paraná y también a los sponsors y al Gobierno de Entre Ríos por su apoyo incondicional en su participación en la Liga A.