El 31 de mayo de 1998, ingresaba al campo de juego con 17 años, de la mano de Carlos García Cambón. Tras una lesión de Chicho Serna, se ganó la titularidad, y no le pesó ser el baluarte en la mitad de la cancha a esa edad.
El 2000 fue el año que marcó un quiebre en su carrera: ganó con el Xeneize el Apertura, la Copa Libertadores y la Copa Intercontinental frente al Real Madrid. El gusto a victoria y a títulos empezaba a nacer desde joven, ya que en ese entonces tenía solo 21 años.
Le hizo goles a River, el primero fue en el 2003; y disputó su segunda final de Copa Intercontinental ante el Milan, en la que Boca también ganó para el goce de los hinchas.
Una seguidilla de lesiones lo marginaron en muchas oportunidades: la primera, apareció en 2006. Fue una pubalgia la que lo marginó todo ese año. A partir de ahí, nada volvió a ser como antes. El León que se conocía dentro de la cancha, estuvo opacado por dolencias tanto en la rodilla como en el tobillo.
Tuvo una buena temporada en 2008, en la que compartió la mitad de cancha con Fernando Gago, y también le convirtió a River en un Superclásico. Sin embargo, posteriormente se volvió a resentir de sus lesiones.
En 2011, fue intervenido quirúrgicamente por una osteocondritis en su tobillo. En diciembre de este año, y con Boca ya campeón, Julio César Falcioni lo puso ante All Boys para que se convierta oficialmente en el jugador con más títulos en la historia de Boca, con 17.
Finalmente, se retiró en 2013. Los números de Seba son contundentes: cosechó 313 partidos oficiales, de los cuales jugó 276 como titular; convirtió 24 goles; ganó siete títulos, siete locales y diez internacionales. Actualmente, es entrenador de la Reserva Xeneize.