A las vidas de Godoy Cruz y Aldosivi los une un entrenador que hizo historia en el fútbol argentino como un implacable goleador: Martín Palermo. El ex delantero de Boca Juniors un año y medio después de dejar el fútbol comenzó su carrera de técnico en el Tomba. En diciembre de 2012 se sentó por primera vez en el banco de suplentes del Bodeguero, en un partido frente a Quilmes, en la penúltima fecha del campeonato Inicial. En esa jornada empató 0 a 0 frente al Cervecero, en el estadio Malvinas Argentinas.

En ese encuentro, el Expreso de Palermo salió al campo de juego con: Nelson Ibañez; José San Román, Leonardo Sigali, Jorge Curbelo, Emanuel Insua; Eduardo Ledesma, Nicolás Olmedo, Federico Lértora, Alexis Castro; Facundo Castillón y Mauro Obolo.  

Por su parte, el equipo quilmeño estuvo compuesto por: Emanuel Tripodi; Jorge Serrano, Sebastián Martínez, Wilfredo Olivera, Ernesto Goñi; Germán Mandarino, Leandro Díaz, Juan Manuel Cobo, Jacobo Mansilla; Martín Cauteruccio y Facundo Diz. Luego de sumar ese punto como local, en la última jornada de la liga cayó con el Xeneize por 2 a 1, con tantos de Fernández y Nicolás Blandi. A su vez, Armando Cooper abrió el marcador para Godoy Cruz y fue el primer gol de la era Palermo.  

Unos meses después, en el Torneo Final de 2013, bajo sus indicaciones, el conjunto mendocino ganó siete compromisos, igualó ocho y perdió cuatro.  En consecuencia se quedó con un buen puesto ya que finalizó séptimo en la tabla de posiciones del certamen, con 29 puntos. Racing y Arsenal sumaron las mismas unidades. Uno de los buenos triunfos fue cuando superó a Independiente por 1 a 0, a San Martín de San Juan por 3 a 2, a Colón por 3 a 0, a Vélez Sarsfield por 3 a 1 y al cuadro del Viaducto por 3 a 0.

Sin embargo, en el Torneo Inicial de ese mismo año, obtuvo seis victorias, seis empates y sufrió seis caídas. Por esta campaña, Godoy Cruz bajó unos escalones con respecto al anterior campeonato ya que logró el décimo cuarto puesto, con 24 puntos en su poder. En esa última liga, sus victorias más significativas fueron contra Argentinos Juniors cuando ganó por 3 a 1 y Estudiantes de la Plata cuando se impuso por 2 a 1.  

A pesar de que hubo señales para renovar su vínculo, su etapa en el Expreso llegó a su final abruptamente. Las primeras tratativas con el ex presidente José Manzur  fueron deshilachando esas ilusiones de renovación y por el cortocircuito debió dejar su cargo antes de lo previsto. Luego de su salida Palermo expresó: "Mi salida se podría haber manejado de otra forma, (podrían) haber sido claro e irnos con la verdad en una primera instancia". Luego agregó sobre su conversación con el mandatario: "Ponele el número que vos quieras". Después el presidente le respondió que no se le renovaría el contrato. Visiblemente molesto, en esa conferencia de prensa sostuvo: "Siempre me manejé con la verdad, pero en Godoy Cruz nunca me fueron claros". Finalmente señaló: "Se dijeron cosas infundas y mentiras. Que estaba el problema de cláusula, que Boca estaba de por medio en el contrato. Lo nuestro era seguir en Godoy Cruz".

Su último cotejo en el Tomba fue en traspié contra la Academia. En ese choque el elenco de Avellaneda lo superó por 2 a 0, con goles de Bruno Zuculini y Diego Villar. En el Cilindro, el técnico del Bodeguero decidió que arranquen: Jorge Carranza; San Román, Curbelo, Nicolás Sánchez, David Achucarro; Gonzalo Castellani, Lértora, Santiago Gallucci, José Luis Fernández; Castillón y Obolo.  En total, en su paso por el Expreso, lo dirigió en 40 partidos, en donde consiguió 13 triunfos, 15 empates y sufrió 12 derrotas.

Más allá de esa experiencia, la carrera de Palermo continuó en otros equipos: Arsenal, Unión Española de Chile, Pachuca de México y Curicó Unido. Unos años más tarde, nuevamente en el fútbol argentino, en esta aventura del Tiburón, sobre esa etapa en el Bodeguero (también de su ciclo en el Arse de Sarandí), el ex atacante del Pincha reconoció: "En los dos equipos tuvimos pasajes buenos. Cuando llegamos a Godoy Cruz, el equipo peleaba el descenso y pudimos sacarlo de ahí abajo". En síntesis, el ex entrenador tombino a pesar de la abrupta salida, con el pasar de los años, asimiló ese proceso y valoró que fue una buena travesía.