En el año 2003 se disputó la segunda edición de la Copa Sudamericana, torneo internacional que reemplazó a cuatro torneos internacionales (Supercopa Sudamericana, Copa Conmebol, Copa Merconorte y Copa Mercosur). En el 2002, Atlético Nacional había perdido en la final de la Sudamericana ante San Lorenzo de Almagro 4-0 en el global y buscaba revancha.
En la edición del 2003, Nacional venció al Deportivo Pasto en primera ronda y a la Liga Deportiva Universitaria de Quito por la segunda ronda. Por los cuartos de final le tocó enfrentar a Boca Juniors, campeón de la Copa Libertadores de ese año. Boca no le prestaba mucha atención a esta copa y puso suplentes en el partido de vuelta de la primera rueda ante el equipo argentino Colón de Santa Fe. Bianchi no cambió y volvió a poner un equipo emergente ante el cuadro colombiano.
En el partido de ida disputado el 16 de octubre, el cuadro verde ganó en la mítica Bombonera 0-1 con gol de Edison Perea en el minuto 24 del segundo tiempo. Cuatro semanas más tarde, el 5 de noviembre se jugó la revancha en Colombia en el Atanasio Girardot. Nacional formó con así:
Boca salió con Wilfrido Caballero; Pablo Álvarez, Matías Silvestre, Diego Crosa, Luis Amaranto Perea; Javier Villarreal, Fabián Vargas, Jonathan Fabbro; Miguel Caneo; Raúl Estévez y Franco Cángele.
El partido empezó mal para el cuadro paisa porque a los 10 minutos perdía 0-1 con gol de Javier Villarreal desde fuera del área y empataba la serie. Pero la alegría xeneize duró poco porque a los dos minutos el delantero chocoano Carmelo Valencia empató el partido tras un pase de Héctor Hurtado y le devolvió la serie a Atlético Nacional. El segundo lo hizo Totono Grisales luego de una gran jugada por la izquierda de Hurtado.
El segundo tiempo Nacional fue muy dominante y marcó dos goles más. El tercero lo hizo Edison Perea y otra asistencia de Hurtado. Camilo Giraldo que entró faltando nueve minutos para que se acabara el partido cerró la cuenta. Grisales empezó la jugada y tiró un pase rastrero que Perea dejó pasar entre sus piernas, dejándole via libre a Giraldo. Un 4-1 que quedó para la historia y le dio un pase a las semifinales de la Copa Sudamericana.
Luego de la victoria y el gran nivel de juego mostrado, Nacional era favorito para llevarse la copa internacional, pero la alegría no duró mucho. Nacional perdió la llave ante Cienciano de Perú que se proclamaría campeón venciendo a River Plate de Argentina.