Después de que se esclarecieran los rumores que lo dejaban afuera del Deportivo Independiente Medellín, el volante antioqueño se acopló de nuevo al equipo y  ya lleva tres goles en la Liga Águila 2017-II, siendo el único jugador del conjunto paisa que llega a tal cifra.

Su último gol lo marcó en la fecha ocho del torneo ante Deportivo Cali, gracias a un tiro libre que ya compite con los mejores tantos del año en Colombia. De esa manera superó a Édinson Toloza, quien acumulaba dos tantos por Liga antes de caer lesionado.

Siete jugadores han marcado para el Deportivo Independiente Medellín en esta edición de la Liga: Juan Fernando Quintero (3), Édinson Toloza y Juan Fernando Caicedo (2), Christian Marrugo, Hernán Hechalar, Rodrigo Erramuspe y Leonardo Castro (1).

Sin embargo, Quintero no tuvo la posibilidad de anotar en la Copa Sudamericana, debido a que no jugó por su situación contractual y las posibilidades que tenía de irse del equipo, y tampoco en Copa Águila, torneo en el cual jugó 90 minutos de uno de los compromisos.

Sumando esas tres competiciones, el volante comparte el primer lugar de goles en el semestre con Édinson Toloza y Leonardo Castro. El ex Junior marcó dos goles en Liga Águila y uno en la Copa Sudamericana, mientras que Castro anotó dos veces en el campeonato continental y una en Liga, justamente ante el Deportivo Cali.

Los tres goles de Quintero en seis partidos se suman a los marcados en el primer semestre, teniendo en cuenta que ya acumula 13 con la camiseta del Medellín, lo cual hace que sea el claro líder de la tabla anual de anotaciones en el equipo, perseguido por Christian Marrugo con siete tantos, quien ya está en el fútbol de México.

Goles de Quintero en 2017

-Medellín 1-0 Once Caldas, Liga Águila 2017-I, fecha 4. DIM 1-0 ONC (81').
-Medellín 4-1 Pasto, Liga Águila 2017-I, fecha 9. DIM 1-0 PAS (5').
-Medellín 4-1 Pasto, Liga Águila 2017-I, fecha 9. DIM 3-0 PAS (72').
-Medellín 1-3 River Plate, Copa Libertadores, fase de grupos, fecha 1. DIM 1-3 RIV (88').
-Nacional 3-1 Medellín, Liga Águila 2017-I, fecha 10. NAL 2-1 DIM (13').
-Águilas 0-1 Medellín, Liga Águila 2017-I, fecha 13. AGU 0-1 DIM (46').
-Melgar 1-2 Medellín, Liga Águila 2017-I, fecha 14. MEL 1-2 DIM (74').
-Medellín 4-3 Nacional, Liga Águila 2017-I, fecha 20. DIM 3-2 NAL (77').
-Cali 4-1 Medellín, Liga Águila 2017-I, cuartos, ida. CAL 4-1 DIM (75').
-Medellín 3-1 Cali, Liga Águila 2017-I, cuartos, vuelta. DIM 1-0 CAL (17').
-Medellín 1-0 Cortuluá, Liga Águila 2017-II, fecha 5. DIM 1-0 COR (72').
-Medellín 3-2 Patriotas, Liga Águila 2017-II, fecha 7. DIM 1-1 PAT (65').
-Cali 1-3 Medellín, Liga Águila 2017-II, fecha 8. CAL 1-1 DIM (24').