Todo comenzó con la marcha del entrenador encargado de devolver al conjunto almeriense a Primera, Javi Gracia. Este decidió no aceptar el nuevo contrato que le ofrecía el máximo dirigente del club, Alfonso García, que optó por subir a Francisco del Almería B, que militaba en Segunda División B, convirtiéndose en el técnico mas joven de la Liga BBVA con 34 años. De esta manera el cuerpo técnico quedaba ocupado por Francisco, como primer entrenador; por Jaime Ramos, como su segundo; Ángel Férez, entrenador de porteros; Javi y Sergio, los preparadores físicos; y el cuerpo médico, encabezado por el doctor Antonio Ríos.

Tras ocuparse del cuerpo técnico y de dar un gran voto de confianza al almeriense Francisco, Alfonso, junto con Alberto Benito, tuvo que enfrentarse a la marcha de la entidad de jugadores de gran nivel, como por ejemplo la del máximo anotador de la categoría de plata, Charles; las de Falque, Pallardó y Calvo en la medular; y las de Gunino, Macedo y Mejía en la defensa; sin olvidarse de la del joven portero Diego García.

El delantero brasileño dejaba en la zona atacante un gran hueco que el presidente murciano debía cubrir de tal forma que se notara lo menos posible la marcha del artillero. Para ello se encargó de fichar a dos nuevos atacantes. Uno de ellos fue Rodri, que venía en calidad de cedido con opción a compra y que era presentado como un habilidoso punta con características semejantes a Charles. El otro, Óscar Díaz, aterrizaba en Almería procedente del Lugo, anotando en este conjunto 15 goles en la temporada 2012-2013. Su papel era el de acompañar las internadas de las bandas del Almería, con la posibilidad de jugar en ambos lados de la delantera y en la media punta. Más tarde, en el mercado invernal, Jonathan Zongo subiría al primer equipo para ayudar en lo posible a la plantilla de Francisco.

Para cubrir las bajas en el centro del campo, la directiva del Almería decidió apostar por Azeez, Suso y Tébar. El nigeriano Azeez, al igual que su compañero Zongo, conseguiría la ficha con el primer equipo, convirtiéndose durante la temporada en una de las piezas claves para Francisco debido a su gran entrega en el terreno de juego y a su criterio a la hora de decidir sobre el verde. Ocuparía una posición retrasada en el centro del campo, ayudando a la recuperación de balón y a la subida de este. Suso llegó procedente del Liverpool y fue presentado como el jugador de referencia en la media punta o en una de las bandas del conjunto, debido a la calidad que atesoran sus botas y a su técnica magistral. Pese a su baja regularidad, Suso llegaría a ser importante en la obtención de la permanencia del conjunto andaluz, disputándose el puesto de titular con la incorporación invernal de Helder Barbosa. El último nuevo integrante en la zona de creación fue Marcos Tébar, pieza clave para Rubi en el Girona. El mediocentro defensivo ficharía por el club andaluz tras rescindir su contrato con su antiguo equipo, pero no tuvo un gran peso en el once inicial a lo largo de la temporada.

Tanto equipo como afición conocía la necesidad de mejorar la línea defensiva para afrontar Primera. Para ello el Almería ficho a dos laterales, Nelson y Dubarbier, y a un central, Torsiglieri, que sería vital en el once almeriense tras la marcha en el mercado invernal de Pellerano. El argentino Torsi llegaba del Metalist en calidad de cedido al igual que el caboverdiano Nelson, procedente del Palermo. Por su parte, Dubarbier sería comprado tras su exitosa etapa en el Córdoba como carrilero en la banda izquierda. Tras la marcha de Christian a mitad de temporada, el club se reforzó con las llegadas de Mané para la banda izquierda y de Hans Martinez para el centro de la defensa.

Aterrizó en Almería Ustari para suplir la marcha de Diego García. El argentino, tras su escasa participación por las continuas y buenas actuaciones de Esteban, decidió poner fin a su etapa en el Almería y ser traspasado al Sunderland. De esta manera llegó Julián Cuesta del Sevilla en el periodo de traspasos de invierno, en calidad de cedido.

La plantilla del conjunto del mediterráneo acabaría la temporada 2013/2014 con un total de 21 integrantes:

DORSAL JUGADOR POSICIÓN EDAD GOLES ASISTENCIAS AMARILLAS ROJAS PARTIDOS MINUTOS
1 Esteban Portero 38 71 encajados 0 2 0 38 3420
25 Julián Portero 22 0 0 0 0 0 0
16 Dubarbier Defensa 27 1 0 13 1 27 2300
2 Torsiglieri Defensa 25 1 0 7 1 27 2367
20 Rafita Defensa 30 0 2 6 1 26 2227
3 M.Silva Defensa 24 0 0 0 0 2 114
5 Trujillo Defensa 25 1 0 5 0 36 3240
22 Nelson Defensa 29 0 0 2 0 14 1185
21 Mané Defensa 31 0 0 2 0 9 765
7 Verza Centrocampista 26 8 2 11 0 34 2928
15 Corona Centrocampista 32 1 2 4 0 23 1115
6 Tébar Centrocampista 27 0 1 5 0 25 1466
31 Azeez Centrocampista 20 2 0 5 0 30 2041
23 Soriano Centrocampista 33 4 4 7 0 35 1873
4 H.Martínez Centrocampista 26 0 0 0 0 0 0
17 Suso Centrocampista 19 3 6 10 1 33 2258
8 Aleix Extremo 23 6 3 3 0 38 3124
11 Barbosa Extremo 25 1 0 2 0 28 945
9 Óscar Díaz Delantero 29 4 0 4 0 30 1199
10 Rodri Delantero 22 8 2 7 0 27 1892
19 Jonathan Delantero 20 2 2 1 0 18 1137