Hijo de futbolista, Santiago Aragón Martínez (Málaga, 3 de abril de 1968) pronto siguió los pasos de su padre, histórico jugador malagueño de la década de los 60 (Santiago Aragón García). El que ahora nos extrañe, pasó gran parte de su aprendizaje futbolístico en la cantera del Real Madrid, al que llegó muy joven desde la ciudad andaluza. Con el conjunto merengue firma su primer contrato como profesional para jugar en el Castilla, filial blanco con el que, en la temporada 1986/87 jugó en Segunda División. La temporada siguiente, 1987/88, con 20 años recién cumplidos, Santiago Aragón debutaría en el primer equipo madridista. Fue un 16 de abril de 1988 ante el Celta de Vigo en Balaído, y el malagueño disputó todo el partido.
Periodo de cesiones
Las siguientes cinco temporadas de la carrera deportiva de Santi Aragón le llevan a hacer un recorrido por gran parte del territorio peninsular. En la campaña 1988/89 es cedido por el club blanco al RCD Espanyol, donde disputa tan sólo ocho partidos de liga. El CD Logroñés sería su destino en la temporada 1989/90, donde realiza una notable temporada, disputando 23 partidos y anotando tres goles. Su buena campaña en tierras riojanas convence al Real Madrid, quien decide repescarlo y darle una plaza en el primer equipo por la 1990/91, en el que juega 17 encuentros de liga, en los que anotará un tanto.
Ese tanto no sería el único de la temporada ya que, al inicio de la misma, en el encuentro de vuelta de la Supercopa de España que el conjunto blanco disputó ante el FC Barcelona, el joven centrocampista andaluz marcaría el que, posiblemente, sea el gol de mayor belleza de cuantos ha anotado en su carrera como profesional. Lo hizo desde casi el centro del campo a Zubizarreta y le hizo acaparar las portadas de los diarios deportivos del día siguiente al encuentro, que encumbró al Real Madrid como vencedor del trofeo en ese verano de 1990. Aquel mítico gol no sería suficiente para convencer al Real Madrid, ya que la siguiente temporada 1991/92 fue nuevamente cedido, esta vez al Valladolid, donde disputó 17 encuentros (tres goles) y no pudo evitar el descenso del conjunto pucelano a la categoría de plata del fútbol español.
Llegada al Real Zaragoza
La 1992/93 es la temporada de la llegada de Santiago Aragón al Real Zaragoza. Lo hizo, de nuevo, en calidad de cedido por el Real Madrid, con una opción de compra a final de la campaña. Llega a la capital maña en el tramo final de la temporada. Debuta en el Real Zaragoza el 11 de abril de 1993, en un encuentro ante al Tenerife en el que logró anotar su primer gol con la elástica blanquilla. Disputó en total 10 partidos esa temporada en las que, además del de su debut, anotaría otro tanto. Las buenas actuaciones es esa decena de encuentros hicieron que el Real Zaragoza efectuara la opción de compra, con lo que Santi Aragón pasa a ser jugador en pleno derecho del conjunto maño.
Un Real Zaragoza en el que el mediocentro malagueño pronto empieza a destacar. Su calidad, visión de juego, capacidad de sacrificio y sentido táctico le hacen convertirse en el timón del Real Zaragoza de Víctor Fernández. Su primera temporada completa en el conjunto blanquillo es, difícilmente superable: tercer puesto en liga y título de Copa del Rey, con Santiago Aragón demostrando, partido tras partido, el acierto del Real Zaragoza quedándose al malagueño en propiedad, que disputa 34 partidos de liga anotando siete goles.
La Recopa y su resaca
Si la 1992/93 es una temporada prolífica para Santiago Aragón, la posterior es la que le hace vivir uno de los mejores años (si no el mejor), de la historia del Real Zaragoza. El andaluz es el motor del inolvidable equipo que se proclama campeón de la Recopa el 20 de mayo de 1995 en el Estadio de los Príncipes de París. Un torneo en el que Santiago Aragón se convierte en uno de los imprescindibles de Víctor Fernández, quien no duda en otorgarle la manija del equipo. En la memoria de los aficionados zaragocistas aquel golazo desde la frontal del área en las semifinales frente al Chelsea en Stanford Bridge.
Sin embargo, tras la histórica Recopa, las posteriores temporadas nada tienen que ver con los tres primeras vividas por el malagueño en el Real Zaragoza. El club maño entra en una época de altibajos, en la que alternas actuaciones mediocres, alguna casi le cuesta el descenso de categoría, con otras espectaculares, como el cuarto puesto en la 99/00 conn Txetxu Rojo en el banquillo o la Copa del Rey de la 00/01 e incluso muy malas, como la que desemboca en el descenso a 2ª División en la 01/02. En todas ellas, Santi Aragón sigue siendo dueño y señor del centro del campo del Real Zaragoza.
Tras el descenso a la categoría de plata, Aragón es uno de los hombres destinados a llevar la responsabilidad en un año en el que el objetivo es claro: devolver al Real Zaragoza al sitio que le correspondía, la primera División. Un rol que el andaluz asume con galones, pero que no se acaba de ajustar a la realidad. Sí es así en el primer tramo de la temporada, en el que es uno de los hombres clave del equipo, pero en el segundo tramo de campaña su importancia en el once va cayendo en favor de Constantin Galca, fichado en el mercado de invierno por expresa recomendación de Paco Flores.
Retirada y salto a los banquillos
Esa campaña será la última de Santi Aragón como futbolista del Real Zaragoza. El 28 de junio de 2003, el andaluz disputaría su último encuentro con la elástica del Real Zaragoza. Lo hizo en un encuentro en la Romareda en en el que el club maño cayó derrotado por 1-3 ante el Salamanca, pero que no impidió que los zaragocistas convirtieran en una fiesta, celebrando el ascenso logrado días atrás.
Sin embargo, Santi Aragón no dejaría de estar vinculado al club, ya que comenzaría a entrenar en las categorías inferiores del Real Zaragoza y, posteriormente, pasaría a ocupar un cargo en la Fundación Real Zaragoza, de la que llegaría a ser su presidente hasta 2013. Además en el año 2007 llegó a ser ayudante de Ander Garitano cuando éste último pasó a ser entrenador del primer equipo, aunque este ciclo duró poco tiempo, ya que el exfutbolista vasco del Real Zaragoza dimitiría pocos días después.