En el torneo del Verano 2000, Pumas debutó como entrenador al histórico y reconocido futbolista canterano del club, Hugo Sánchez. Luego de que en las primeras nueve jornadas el estratega Rafael Amador sólo obtuvo 12 puntos, la directiva lo cesó e incorporó al "Macho" quien sin tener experiencia previa comenzó su carrera el 26 de marzo del 2000 frente a los Rayos del Necaxa con el contundente triunfo de 3-0 con goles de Hugo Lagorio, Jaime Lozano y Jesús Olalde.
De la mano de Sánchez los universitarios consiguieron en temporada regular cinco victorias, un empate y tan sólo un descalabro, lo que les permitió clasificarse a la liguilla en tercer lugar con 28 puntos. ¿Quién sería el rival de Cuartos de final? El Necaxa.
Los Rayos buscarían revancha luego de la goleada que en el torneo regular recibieron por parte del conjunto auriazul, sin embargo, ni en la ida ni en la vuelta consiguieron llevarse el marcador a su favor y terminaron con un global de 6-4. El siguiente paso para Pumas fue Santos Laguna.
La ida fue disputada en el Estadio Olímpico Universitario y tras un partido muy aguerrido el resultado final fue 1-1. Y las cualidades del encuentro no cambiarían en la vuelta, pero al minuto 83, Borgetti se encargaría de sentenciar el encuentro con una media vuelta en el área felina y un disparo de derecha fulminante pegado al poste del arquero.
Así. el récord de Hugo Sánchez en su primera temporada como entrenador sería de siete victorias, dos empates y sólo dos derrotas en 11 partidos, además del pase a semifinales. Algunos meses después sería cesado por tener diferencias con la directiva para cerrar así su primer ciclo con el club universitario. Después vendrían las hazañas...
Hugo Sánchez, hecho en Nicaragua.
Una historia que en su momento fue muy poco comentada en México fue la participación del "Pentapichichi" en el "Futuros FIFA Coca Cola", un curso de entrenadores realizado en Nicaragua que impartió el instructor salvadoreño Raúl Magaña del dos al siete de mayo de 1995.
Este título permanece avalado por las rúbricas del entonces presidente de la Federación Internacional de Futbol Asociado (FIFA), Joao Havelange, el secretario general, Joseph Blatter, y Florencio Leiva, presidente de la Asociación de Entrenadores de Futbol de Nicaragua.
El "Futuros FIFA Coca Cola" le ha valido diversas críticas, una de ellas fue la del argentino Ricardo La Volpe, quien en 2002 le recriminó que "su preparación de cuatro días en un país sin tradición al futbol" no le valía para ser considerado como entrenador de la Selección Mexicana.
Por otra parte, el nicaragüense Gustavo Argüello Roa, compañero de Hugo Sanchez en el curso de entrenadores, en 2005 declaró para el semanario Proceso que: "los conocimientos que impartieron fueron netamente internacionales, con toda la ley y la garantía de la FIFA porque fueron ofrecidos por instructores de la FIFA".
En total en su carrera como Director Técnico, Hugo Sánchez ha dirigido a cinco conjuntos: Necaxa, Almería, Pachuca, la Selección Mexicana y a sus amados Pumas con quienes logró dos títulos de Liga y vencer al Real Madrid por el trofeo Santiago Bernabéu.